日本の所得税法の規定によると、非居住者の総合課税の所得税の計算については、次のように規定されている。
（総合課税に係る所得税の課税標準、税額等の計算）
第百六十五条 前条第一項各号に掲げる非居住者の当該各号に掲げる国内源泉所得について課する所得税（以下この節において「総合課税に係る所得税」という。）の課税標準及び所得税の額は、当該各号に掲げる国内源泉所得について、政令で定めるところにより、前編第一章から第四章まで（居住者に係る所得税の課税標準、税額等の計算）（第七十三条から第七十七条まで（医療費控除等）、第七十九条（障害者控除）、第八十一条から第八十五条まで（寡婦（寡夫）控除等）及び第九十五条（外国税額控除）を除く。）の規定に準じて計算した金額とする。
所得控除については、所得税法本文には次の１４種類の所得控除が定められているので、それぞれに示した通り、ほとんどのものは非居住者には適用されないので注意が必要である。
７２条雑損控除
非× ７３条医療費控除
非× ７４条社会保険料控除
非× ７５条小規模企業共済等掛金控除
非× ７６条生命保険料控除
非× ７７条地震保険料控除
７８条寄付金控除
非× ７９条障害者控除
非× ８３条配偶者控除
非× ８３条の２配偶者特別控除
非× ８４条扶養控除
８６条基礎控除
